阴云密布的本能町，在神秘恐怖的本能字学园，高高在上的学生会长鬼龙院皋月（柚木凉香 配音）只手遮天，她通过“极制服”统领校内的学生，极制服由所佩戴的星星数量分级，级别越高拥有的战斗力就越强。这一天，一个背着单片太刀剪的女孩出现在本能字学园门口。她叫缠流子（小清水亚美 配音 ），为了调查杀害父亲的真正凶手而来到这个凶险的所在。谁知她刚刚到来不久，便遭到蟇郡苛（稻田彻 配音）、猿投山渦（桧山修之 配音）等学生会四天王的阻击。 关键时刻，缠流子意外得到父亲制作的黑色神衣，由此战斗力大增。连番激烈的战斗在本能字学园展开……
十年，最后的最后
小男孩叫波波,狗叫阿木狗. 有一次小男孩在买饮料的时候中奖了，所以就的到了一个礼物，那就是阿木狗。
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
