大千世界，位面交汇。 万族林立，群英荟萃。 一位位来自下位面的天之至尊，在这无尽世界，演绎着令人向往的传奇，追求着主宰之路。
新时代的假面骑士，觉醒了。 他的名字是…… 假面骑士ZZZ。 新假面骑士，是在梦境世界战斗的特工！ 普通的青年在梦中摇身一变成为“无敌的特工”，守护人类，对抗侵害现实世界的噩梦怪人“梦魇”！ 来吧，任务开始！
故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
次郎是光明寺博士为了替代死去的儿子一郎而倾尽心血的产物，但是作为一个有自主意识的人造人，次郎的思维装置——良心回路在完成的时候出了问题。人类害怕次郎，因为次郎可以不断学习，最后超越人类；而机器人也讨厌次郎，因为拥有良心回路的机器人更加接近人类。并且，有良心回路的机器人是可以拒绝命令的，这更是让次郎被人类和机器人两边都排斥的原因。 在于基路教授战斗中，次郎一边通过战斗学习促使良心回路成长，一边寻找光明寺博士的下落。这时，自称次郎的弟弟的人造人三郎为了确认自己存在的意义而向次郎发起了挑战，而让次郎无法还手的利用就是，冷酷的基路教授把光明寺博士的脑放在了三郎体内！！
