以传奇杀手坂本太郎为主角，金盆洗手的他与亲爱的家人平静度日，没想到有刺客接连来袭，幸福家庭生活恐将好景不常。这下子坂本太郎必须与伙伴联手，守护他的幸福日常。
裁判官死后，幽灵号船员和其他义军单位取得了联系，一位名叫阿索卡的新盟友出现了。但随着邪恶的达斯·维德来到洛塔，局势再次紧张起来。
被孤儿院赶出、濒临饿死边缘的少年中岛敦与一群风格奇异的男人们相遇了。
普通的上班族藤木户健二，他的妻子在忍者斗争中丧命。在他濒死之际，竟然被神祕的忍者灵魂附身了！捡回一命的藤木户，从此成为“忍者终结者”，专门终结忍者，为了复仇而战！以近未来都市新埼玉为舞台，忍者杀手VS忍者的生死决斗揭开序幕.....
