公元1333年，为武士统治日本奠定基石的镰仓幕府，因其所信任的幕臣——足利尊氏的谋反而宣告灭亡。 失去了一切、被推入绝望深渊的幕府正统继承人——北条时行，在自称为神的神官——诹访赖重的手中引导下，逃离了化为一片火海的镰仓……。 在逃亡抵达的诹访之地，时行与值得信赖的伙伴结成了「逃少党」，并借由「逃跑」与「活下去」来克服重重苦难，逐渐磨练出作为率领大军之将领的实力。 另一方面，在京都的尊氏其权力正稳步扩张，而在镰仓，以尊氏之弟——直义为首的新统治也正大受欢迎。 在时代更迭的巨大浪潮中，时行夺回天下的这场捉迷藏，其结局将会走向何方——。
故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。 在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
