《雄兵连》系列是国内首部3D军事科幻题材动漫作品，《雄兵连3雷霆万钧》为该系列故事最新续作，剧情承接上一季，讲述地球与天使阵营结盟，共同对抗外星恶势力的故事。
故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了， 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
十三世纪，幼小的奴隶希塔拉在伊朗东部城市图斯被奴隶商委托给一个学者辈出的家族进行教育。希塔拉起初试图逃跑，但她被教导了知识的重要性，希塔拉在这里被女主人法蒂玛视为女儿般的宠爱，并学习了欧几里得的《几何原本》等诸多知识。家族的继承人穆罕默德为了研究学问而前往内沙布尔后 8 年，图斯遭到蒙古人的袭击。希塔拉被拖雷的军队俘虏，法蒂玛为了保护希塔拉而被杀害。此外，《几何原本》也被抢走了。被带到蒙古的希塔拉开始思考对蒙古的复仇。
每个人都有不可告人的一面—— 这是一个世界各国均暗地里进行激烈情报战的时代。东国（Ostania）与西国（Westalis）的冷战状态已经持续数十年。“黄昏”是西国情报局东国对策科“WISE”的一名优秀间谍。为调查威胁东西两国和平的人物——东国国家统一党总裁多诺万·德斯蒙，上级给予了他一个绝密任务。 任务名为：“枭”（Strix）行动。内容是“一周之内组建家庭，潜入德斯蒙儿子就读的名门学校的联谊会”。于是“黄昏”扮演成精神科医生劳埃德·福杰，开始组建家庭。然而，他找来的女儿阿尼亚是个能读心的超能力者，妻子约尔是个杀手。三人利害关系一致，便互相隐瞒身份，开始了共同生活。 世界的和平，就掌握在这意外不断的临时一家人手中。
