全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
九文学园一年级新生赤松勇树（内匠靖明 配音），受表姐二阶堂彩香（前田玲奈 配音）所托加入了第二新闻部。身为部长彩香计划成立一个为所有遇到烦恼和问题的学生解答疑难的人生相谈平台，为此请来了冷静聪颖的理科生远藤梨乃（新田ひより 配音）、温柔可亲善解人意的文科生九条文（丰田萌绘 配音）和运动神经发达但行事大条的体育科生铃木育美（诹访彩花 配音）加入进来。三个女孩，三种性格，三种意见，争执不下的时候，她们便会以特有的方式选定最终的指导意见。你有什么人生困扰，不如来第二新闻部咨询一下吧！ 本片根据川岸殴鱼的原作改编。
故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。 然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。
饕餮大军降临天河市，雄兵连奉命出战。在开战惨遭先手的情况下，有序重新组织队伍组织反击，以南海舰队的全部火力一举击沉饕餮先头部队的主力火力舰后最终取得胜利。但与此同时，天使集团、恶魔集团的行动渐渐浮出了水面，世纪大战一触即发！
