升入高中开始独居生活的高一学生藤宫周。 他居住的公寓隔壁，住着学校里首屈一指的美少女椎名真昼。 原本毫无交集的两人，却因周借给在雨中淋得全身湿透的她一把伞为契机，展开了一段奇妙的缘分。 看着过着颓废独居生活的周，真昼实在看不下去，便开始为他做饭、打扫房间，在各方面费心照料他。 比邻而居的两人，就这样慢慢地、一点一点地，心意逐渐相通。 这是一个与可爱的邻居之间， 甜蜜又令人心焦的恋爱故事——。
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
在乡下与祖父二人相依为命的淳朴少年小山田耕太，来到大城市的熏风高中，成为这个学校的高中一年级新生。面对新的城市、新的校舍，紧张的耕太意外的被学姐告白了。她，是学校内的第一号大美女，源千鹤。拥有大胸部的千鹤学姐用千方百计，不择手段的诱惑耕太。而她的真实身份竟然是狐妖！而千鹤的弟弟，耕太的同班同学，同为狐妖的多由良，对班长朝比奈茜也动了真心。纯洁少年耕太与狐妖学姐的爆笑校园喜剧就此拉开了序幕。
