作品主角是不太会拿捏与他人之间距离、身材娇小的阿波连同学，以及目标是「交到一百个朋友」、坐在阿波连同学邻座的来堂同学。两人之间的距离以掉在地上的橡皮擦为契机而急速接近，一场青春恋爱喜剧便由此开始。
神王之子秦书身为神子，却天生凡体凡命，受尽天道界众人部夷厌弃甚至要被夺去神子身份，贬入凡间。直到他与主角相遇融为一体，开启万界签到系统，于混沌天绝云峰开启永动丹田。随后从神道界最底层走起，与修罗战、与鬼神斗、与武帝争，靠一己之力，斩尽神佛，独闯九九八十一重天顶，满天诸神都不能挡其路，以一介凡体走上神道之巅。最后从众多神子的生死决斗之中脱颖而出，独战九大帝子，破混元天尊夺取神道界的惊天密谋，成就新一代大帝。
在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。 随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
随着友哈巴赫攻入灵王宫，死神与灭却师展开了最终决战。灵王陨落，现实世界随之崩塌。昔日的宿敌联手突入已发生异变的宫殿，共同迎战威胁万物存续的危机。
故事组要描述在与袭击人类的异次元体"NOVA"的战斗中失去了姐姐的少年--青井和哉，被转入了对异次元体NOVA的作战专门学校--杰尼提克斯学院。那里是为了将来与NOVA战斗、少年少女们学习战斗技巧的地方。在转学当天遇到背影神似姐姐的校园女王莎缇莱萨的瞬间，和哉的人生就此发生转变--充满爱情和热血的SF斗剧，在这里绚烂开幕!!
经历过千辛万苦，千秋真一（关智一 配音）和野田惠（川澄绫子 配音）终于一个摆脱了恐机症，一个通过了入学考试，二人携手来到了古典音乐的圣地——欧洲。来到欧洲的野田妹对一切感到新鲜，新的环境，新的公寓，而最让野田妹感到开心的事是，终于可以和她最爱的千秋在一起了！可一切却没有野田妹想象的那般好，千秋在国际指挥比赛中大放光彩，得到了各大权威媒体的注意；而野田妹这边，有许多问题需要克服，不通的语言，新学校各类高手，还有千秋的不在身边……这些让野田妹在异国他乡感到孤独和寂寞，而更大的危机是，有天才女钢琴家也喜欢上的千秋，受挫的野田妹在钢琴上也遇到了瓶颈。 本片改编自漫画家二之宫知子的同名漫画，是动画系列的第二弹。
