故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
在这个世界上，有着能将妖精作为兵器所操使的“妖精兵”存在。战争结束后，他们结束了使命、失去了容身之处。战争后那不稳定的政局，因战争受到伤害的过去的犯罪者出现了，他们为了复仇而发动了恐怖袭击。这是无序的抗战后、寻求各自的正义而战斗的“妖精兵”们的故事。
——虽然很突然，但世界已经灭亡了。 1000年前一度毁灭的地球，由名为“Y”的传说中的时钟技师以时钟装置再构筑而成的世界。 吊车尾高中生·见浦直人，与“Y”所留下的自动人偶琉珠，以及天才时钟技师少女·玛丽相遇了。 当他们的能力相互咬合时，命运的齿轮开始转动。 不断重复破裂与延命，将即将崩坏的地球（“时钟机关之星”）修复的时钟朋克·幻想剧！
