ガイラー星的考察队遭遇事故而在地球迫降，迟迟等不到本星救援队的考察队内部终于发生了内乱，过激派ゲルドン夺权称帝，建立ガイラー帝国并准备利用超兵器空爆机器人侵略地球。主和派的ヤン博士为了阻止ゲルドン的野心，将新型空爆机器人“グロイザーX”托付给女儿リタ，并让她将ゲルドン帝王的野心告知地球人。リタ脱出后遇到了特技飞行员海坂譲，两人一同驾驶グロイザーX开始了战斗。
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
升入同一所高中的浅葱优希也和樱美玖，是一对“双向暗恋”的青梅竹马。 明明已经察觉到了自己的心意… 明明那句“喜欢”随时都要溢出来… …可是，就是无法坦诚相待！！ 太过亲近，又太过遥远的优希也与美玖。 维系着两人的，是小学六年级时开始的“我爱你游戏”。 轮流说出“我爱你”，谁先害羞谁就输。 直到现在仍在继续的，这场较劲。 想要赢得“我爱你游戏”后，再告白──。 想要赢得“我爱你游戏”，让对方承认自己的“喜欢”──。 为了结束这场双向暗恋， 倾注所有心意的“恋爱游戏”，现在开始！！
