在某个时间点的日本，突然出现了文学书全部被染黑的怪异现象。 这是由书中带着负面情绪诞生的“侵蚀者”所导致的灾难。 被侵蚀的文学书，会逐渐地从人们记忆中消失，最后变得像是从一开始便不曾存在过一样。 于是，有特殊能力的“炼金术师”作为特务司书被派遣至图书馆， 为了对抗破坏书 中世界的“侵蚀者”、为了守护文学，与转世的文豪们一起战斗。
许多朋友都对儿时收看的动画片《猫和老鼠》无比怀念，在网上搜索到的大多是米高梅版的《猫和老鼠》，片中的猫及老鼠都比我们儿时在央视观看的大一号。留在80后最美好记忆中的猫和老鼠动画片实际是这部Tom and Jerry Kids show.由美国福克斯电视台1990年9月8日首播，1993年8月2日停播，共65集。每集三个故事，除了猫和老鼠外还穿插有肚皮和肚饱的父子狗对战麦克老狼的故事。这部Tom and Jerry Kids show 相比以前的猫和老鼠版本减少了暴力镜头，人物之间趋向于使用各种物品巧妙对战，猫和老鼠的形象也有改变，他们更加卡通，个头变小，更像是两个小孩。
蜷川亚室（丰崎爱生 配音）自幼生活在海边，有着了不起的游泳技术，是一个个性活泼开朗的女生。今年，她就要转入著名的县立海商高等学校开始新的学习生活了，会有怎样的好运等待着她呢？一进入学校，亚室即选择了自己热爱的游泳部，没想到，有用不的经理人兼部长冲浦要（丰永利行 配音）居然是一个连水也不敢碰的旱鸭子。 在游泳部里，亚室认识了很多志同道合的好友：坚强好胜的织冢桃子（生天目仁美 配音），个头矮小长相幼齿的生田莳辉（清水爱 配音），表面清纯内心却十分好色的静冈魅玲（福井裕佳梨 配音）。在亚室的支持和鼓励下，冲浦要也渐渐的开始尝试从前十分恐惧的游泳运动。而他和亚室之间的关系，似乎并不是部长和部员这么简单。
正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。 与此同时，那场连续爆炸事件的犯人越狱了！这是巧合吗？ 这个犯人同时也是公安警察降谷零(安室透)宿命的敌人，因为他害死了自己的同学松田。在即将追到犯人之际，突然出现了一个神秘的变装人物，给安室装上了项圈炸弹。为了解除项圈炸弹，柯南赶到了安室潜伏的地下避难所。柯南从安室口中得知了另一桩事件——三年前，安室和警校同学(现已亡)在涉谷遇到了身份不明的变装炸弹犯「普拉米亚」。 然而这时，危险已经开始笼罩搜查中的柯南等人……
