《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
旅行中的奇诺和艾鲁梅斯来到了一个科学高度发达的文明国家。在安定的环境下，该国家人民均生活在巨蛋之内。一方面，这个国家是由杰出人士们创造出来的“开拓地”，然而另一方面，他们又同时渴望着巨蛋之外真实的阳光和土地。
古より妖魔と戦い続ける魔狩人・魔物ハンターの第108代目となってしまった女子高生、真野妖子の恋と戦いを描く物語。80年代以降の美少女作品の一ジャンルとして定着していた「剣を持って戦うヒロイン」の流れを汲みつつも、ビキニアーマーに象徴される洋風・ファンタジー路線に偏重していた既存の作品とは一線を画す、チャイナドレス姿の妖子のコスチュームデザインが注目を集めた。また変身時の前口上と、キューティーハニーを髣髴とさせる変身途中のヌードシーンがシリーズの定番となっている。 当時としてはまだ比較的珍しかった、アニメ・ゲーム等の多ジャンル展開を企画当初より想定したメディアミックス展開黎明期の作品である。また各メディアごとにおける世界観や設定等には共通点がほとんど見られず、妖子以外のレギュラーキャラや妖子の性格まで異なるのも大きな特徴となっている。
