这是一个被巨人支配着的世界。成为巨人的食物的人类建造起了高达50米的巨大墙壁，以自由为代价去防止墙外的巨人的侵略。10岁的少年艾伦·耶格尔梦想着看到未知的墙外的世界。艾伦对那些满足于暂时的和平而放弃外出的人们感到格格不入。艾伦称他们为“家畜”。他们认为艾伦是“异物”。但是，由于能跨越墙壁的超大型巨人的出现，艾伦的“梦想”和人们的“和平”都瞬间土崩瓦解了。
一处位于乡下的宁静村庄，发生家畜陆续诡异死亡的奇妙案件。为了解决这起案件，一位穿着一身显眼服装，名叫「隐神」的男子，被从东京找来到此地。就在调查途中，男子与一名居住村内，被旁人叫「泥田坊」，有着神秘气息的少年相遇。一则波澜万丈的怪物物语，就此揭开了序幕──
