“夏亚的反叛”的第二次新吉翁战争12年后，宇宙世纪105年（U.C.0105），一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织开始以暗杀政府高官的方式对抗强权统治的地球联邦政府。该组织领导人马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，是曾与阿姆罗·雷并肩作战的一年英雄布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。虽被展现奇异力量的少女琪琪·安达露西亚言语捉弄，但哈萨维仍为实现马夫蒂的目标而步步推进。与此同时，追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格收到了刑事警察机构汉德利·约克桑的密约提议。在哈萨维与肯尼斯各自为实现目标而行动时，琪琪亦为履行自己的使命，踏上了前往香港的旅程。
唯我成幸（逢坂良太 配音）是一个看上去非常平凡的青年，唯一的优势就是每门学科都取得了很好的成绩。学校里有一个可以免除考试以及学费的特别VIP推荐名额，为了得到这个名额，成幸主动提出要担任帮助同学学习的教育指导员的职位。 被称为“文学之森的睡美人”的千金大小姐古桥文乃（白石晴香 配音）、被称为“机关精巧的拇指姑娘”的理科健将绪方理珠（富田美忧 配音）、被称为“白银的漆黑人鱼公主”的游泳部种子选手武元润香（铃代纱弓 配音），需要成幸辅导的，是这三位校园里的传奇人物。原本以为是非常轻松的工作，没想到这三个姑娘虽然在某一方面非常优秀，但在不擅长的科目上真的是令人大跌眼镜。
故事发生在遥远的未来，一种神秘的病毒侵袭了地球，十三岁以上的人类全部灭绝，可是，对于那些幸存下来的孩子们来说，活着却并不意味着幸运，横空出世的吸血鬼一族成为了地球上的统治者，而这些孩子们则作为它们的口粮被“饲养”起来。 优一郎（入野自由 配音）和米伽尔（小野贤章 配音）不愿意向命运低头，为了反抗，优一郎加入了日本帝鬼军，成为了月鬼组的一员。在那里，优一郎结识了特立独行的柊筱娅（早见沙织 配音）、善良软弱的早乙女与一（冈本信彦 配音）、温文尔雅的君月士方（石川界人 配音）和大大咧咧的三宫三叶（井口裕香 配音），五人成为了生死与共的战友。
人类小女孩可可偶然穿越来到了月球一个叫做梦月乐园的地方。在这里，她结识了一群活泼可爱、个性迥异的梦月精灵，并在国王的请求下当了梦月精灵们的精灵导师，赋予魔法，教导小精灵们学习和成长，承担起解除危机拯救梦月乐园的重任。在可可的领导下，小精灵们懂得了许多道理，也学会了许多技巧和道理，在轻松、愉快的气氛中，可可、艾梦等小精灵一起成长，成为了朋友。 随着时间的推移，秘宝一件件被找到，传说中的危机也将渐渐浮出水面，或许有一天，可可和艾梦会面临更大的挑战，那时，她们将勇敢、坚强上网带领梦月精灵们共同守护梦月乐园。 该片以唯美的画面、细腻的感情，被称赞颇具日本动画名人宫崎骏的风范。该动画找到科幻和现实的对接点、共同点，用较为娱乐、轻松、活泼的方式演绎科幻的魅力。
