炎热的夏天又到了，观众们则迎来了活力四射、清凉十足的运动番《Free!》第二季！五位游泳部的伙伴，再次带着分外瞩目的肌肉线条，展开了关于游泳和友情的青春故事。 在第二季中，主人公七濑遥（岛崎信长 配音）以及好朋友橘真琴（铃木达央 配音）成为岩鸢高中三年级生，他们一方面烦恼着没有新人加入游泳部，另一方面还面临着毕业去向问题。同为游泳部成员的渚（代永翼 配音）和怜（平川大辅 配音），积极准备着全国大赛的训练。 与第一季相比，本季最大的看点，就是新角色山崎宗介（细谷佳正 配音）的登场。他是凛（宫野真守 配音）小学时代的好友，游泳实力强劲，转校归来加入了凛的游泳部。两个游泳部，两支接力队伍，在未来的全国赛上，会碰撞出什么样的青春水花？
“夏亚的反叛”的第二次新吉翁战争12年后，宇宙世纪105年（U.C.0105），一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织开始以暗杀政府高官的方式对抗强权统治的地球联邦政府。该组织领导人马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，是曾与阿姆罗·雷并肩作战的一年英雄布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。虽被展现奇异力量的少女琪琪·安达露西亚言语捉弄，但哈萨维仍为实现马夫蒂的目标而步步推进。与此同时，追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格收到了刑事警察机构汉德利·约克桑的密约提议。在哈萨维与肯尼斯各自为实现目标而行动时，琪琪亦为履行自己的使命，踏上了前往香港的旅程。
某天，高中生横谷家突然来访了一位上门营业的女仆—— 之前的职业是杀手，并且没做过家务活…… 满心疑惑而又无法拒绝的老好人男主感受到她的纯粹，于是接纳了她。 让只影独行在黑暗社会孤独生活的女仆，成为家人的故事开始了……
阿斯特拉艾亚的山丘上，建有三家女子学校。圣米雅特尔女子学园（圣ミアトル女学园）、圣斯毕卡女子学院（圣スピカ女学院）、圣露·莉姆（圣ル·リム女学校）女子学校。而且，在那片土地的尽头是三家学校共用的宿舍----草莓宿舍。阿斯特拉艾亚的山丘…那里是不允许男子踏入的神圣领域…
因为某些事情而被编入圣米雅特尔女子学园四年级（由于初高中统一教育，其实相当于高中1年级）的渚砂心中充满了对新校园生活的期待与不安。
在入学第一天与所有人都憧憬的“Etoile”（法语中为“星星”的意思。艾特瓦尔是作为管束3校的学生会一切的存在，在3校的学生中位于至高点具有无比的权利与威望，与此同时也负担着沉重的责任与义务）的花园静马相遇。在被其美貌深深吸引的瞬间，身体不由自主地无法动弹了。另一方面，静马温柔地注视着如此的渚砂，并伸出双手渐渐靠近渚砂的脸庞，然后…！
年级和学校各不相同却蕴含各种各样回忆的只有少女的百合校园生活。在如此秘密的花园中发生的事情，你是否也来窥探一下…
自称有着大众脸的高中生一条乐（内山昂辉 配音），其实是著名流氓帮派“集英组”头目的独子，他本想过上平凡人的生活，直到一个美少女转校生桐崎千棘（东山奈央 配音）的出现，他们的命运自此向不可预料的方向发展。 这位金发碧眼的混血儿转校生，原来是美国黑帮“蜂巢”老大的千金，为了双方家族能和睦相处，一条乐和千棘必须假装成一对恋人。个性不合的二人，心不甘情不愿地开始了他们的“甜蜜”生活。在打打闹闹的交往中，千棘渐渐喜欢上了一条乐，而一条乐却一直暗恋着同班女生小野寺（花泽香菜 配音），但因为各种原因无法与之心意相通。这对校园三角恋，因为黑帮和警察的介入，越发不受控制……
平凡的高一学生陆水银，喜欢校内第一的大小姐陆怜。 但陆怜突然不可思议地被诱拐到盗墓游戏的世界中， 追着她的水银也在美少女向导双子星的邀请下前往那个世界。 之后，他接过已被加以百亿课金的终端。 水银为了守护陆怜，成为游戏世界最后的“守墓人”，参加与“盗墓者”之间的攻防战。 在战斗的途中，他们的秘密也逐渐揭晓——。
