1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
“上吧，修卡!!!!”即使到了40岁，东岛丹三郎仍然真心想成为假面骑士。然而，就在他几乎要放弃这个梦想的时候，被卷入了震惊社会的“伪修卡”抢劫事件……大人们极其认真的“假面骑士游戏”动作戏，正式开幕！
历经百年的时光，将人类与外侧世界隔开的墙壁。据说那堵墙的另一边是一个从未见过的世界。火焰之水、冰之大地、砂之雪原……记载在书中的，尽是些激发少年探究心的文字。时间流转，现在墙壁被巨人毁坏，人类正一步步接近世界的真相。巨人的真实身份是什么？为何墙壁中会埋着巨人？巨人化的艾伦·耶格尔所持有的“坐标”之力是？以及，希丝特莉亚·雷斯究竟知道这个世界的什么事情？在艾伦等104期兵的加入下，新体制的利威尔班建成了。开始行动后，阻拦在他们面前的，是最强最恶的敌人。
普通的高中生·宗平被卷入了克拉科吉亚公国与格拉尼亚共和国之间的战争，格拉尼亚派了杀手来取他的性命，而宗平则不得不和作为他的护卫而来的鲁特中尉以及哈鲁卡少尉一起度日……
