沧南危机解决后，林七夜完成津南山为期一年的守夜人集训考核，成为了正式的守夜人后，重回136小队，与伙伴再度开启一场与古神教会的崭新较量……新的西方邪神亮相，人类天花板齐聚沧南，一场巨大的灾难风暴正悄然酝酿成型。
兵藤一诚（梶裕贵 饰）是学校里出了名的好色男，因此遭到了诸多女生的嫌恶，某日，一位名叫天野夕麻（生天目仁美 配音）的神秘美少女突然出在了一诚的面前，她不仅向一诚告了白，还提出了约会的请求。难道一诚的春天就要这样来临了？ 让一诚没有想到的是，在初次的约会之中，自己竟然被天野夕麻杀死了。原来，夕麻的真实身份是下级堕天使丽娜丽，她接受了教会的命令，专门前来刺杀一诚。就在一诚魂飞魄散之际，学园里的公认校花莉亚丝（日笠阳子 配音）出现在了他的面前，她使用恶魔棋子将一诚复活，并使其成为了自己的眷属。教会刺杀一诚的真实目的究竟是什么呢？一诚又将怎样面对死而复生的人生呢？
因为在风祭流传着未确认生物的情报，以及超自然的现象之类的似真非真的传闻。瑚太朗向超自然研究会的部长，千里朱音的求助，于是展开了涉及到瑚太朗认识的学生们的调查。对于瑚太朗来说，原本只是抱着一点冒险心态而已。只要能和热闹的伙伴们一起度过的话，这样就足够了。但瑚太朗还没有注意到，他将要探求那无人知晓的“真实”。
「お前、あと一年で死ぬよ」 十七歳の誕生日を迎えた見習い魔女のメグ・ラズベリーは、魔法の師匠であり、魔法界トップの七賢人に名を連ねる『永年の魔女』・ファウストから、突如として余命一年であることを告げられる。 メグは『死の宣告』の呪いにかかっていたのだ。 呪いによる死を免れる方法はただ一つ。手にした者に不死をもたらす、『命の種』を生み出すこと。 そして、『命の種』の材料となるのは、感情の欠片――人が喜んだ時に流す、嬉し涙。 「それで、一体どれくらい涙を集めればいいんですか？」 「千人分だ」 「……はい？」 こうして、メグは嬉し涙を集めるため、様々な人たちと関わっていく。 幼馴染みで大親友のフィーネ。 ファウストと同じ七賢人の一人――『英知の魔女』・祈。 メグと同い年にして七賢人に名を連ねる天才少女、『祝福の魔女』・ソフィ。 これは、余命一年を宣告された未熟な魔女、メグ・ラズベリーが起こす、奇跡の物語。
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
