第二季承接第一季结尾剧情，男主角楚明在于琳琳婚礼上战胜江州最大的对手王家之后，在三个师姐和其他其他几大家族的帮助下终于达成了自己开宗立派的目标，实现了为七圣宗开枝散叶的第一步。为了给双目失明的五师姐兰馨儿祛除诅咒，楚明决定和众人一起找寻修行炼器一途的四师姐，取得宝鼎炼制解药。然而在目的地渝州，一个沉寂已久的邪修势力——巫死门正等待着他们，而巫死门正是害兰馨儿眼盲的罪魁祸首，目的是消灭所有七圣宗的传人，以报百年前的仇怨。
改编自月夜泪创作的同名小说，作品背景设定在一个有魔法，有异族的异世界。只不过这并不是一部穿越男主的故事，而是关于一位少年复仇的故事。
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故事发生在位于湾岸城镇的樱渊市，反田野良（朝井彩加 配音）是一名在那里生活的平凡少年。一天，在上学的途中，野良邂逅了一个名为帕特里西娅（高森奈津美 配音）的奇怪少女，她自称是来自冥界的女皇，而她降临人间的目的，竟然是消灭所有的地上生物，成为地上世界的主宰。 在误打误撞之中，野良竟然和帕特里西娅接吻了，让野良没有想到的是，自己竟然因此变成了一只猫。就这样，野良和帕特里西娅之间缔结下了契约，不久之后，帕特里西娅的妹妹尤菈夏（大桥步夕 配音）也追随着姐姐的步伐来到了人间。和两个想要毁灭世界的女孩生活在一起，野良的每一天都充满了惊险。
故事发生在白垩纪营地事件发生六年后，“努布拉六人组”的成员们努力在岛屿上站稳脚跟，在一个到处都是恐龙和想要伤害他们的人的世界中摸索。悲剧发生后，这群人重新聚在一起，却发现自己陷入了逃亡，并被卷入一场全球冒险，以揭开威胁恐龙和人类的阴谋，并最终了解他们中一个人遭遇的真相。
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
When reptilian aliens begin to take over the world, the remaining survivors' must band together and fight back with newly developed fighter jets.
人族领地遭到灰猿人族和猪人等亚人种入侵，战乱时代持续不断。 拉格村的少年·凯为了守护村庄，每天都在战斗中度过。在被称为“加护者”的强大力量持有者的严酷战斗中，伙伴们接连倒下，而自己却突然回忆起本不该经历的不可思议的记忆。那是比这个世界更先进的文明技术和人们生活的知识。然而，原本只是一个普通村民的凯，不久后将被卷入巨大的考验之中。在残酷的世界中，一位少年的战斗与成长的壮丽奇幻故事在此展开。
