在1999年，一艘外星宇宙战舰坠落到了地球，人们用了了十年的时间修复并取名为"MACROSS"。2009年，MACROSS要塞正在举办一场偶像歌星林明美（饭岛真理 配音）的演唱会，突然空袭警报响起，要塞开始了变形。战斗中，一条辉（长谷有洋 配音）驾驶着变形战斗救下一名少女，战机却由于速度过快撞进外层舱室。安定后，辉发现救得是林明美。俩人相识后，为使明美高兴，辉偷开教练机带着明美去兜风。敌人趁机出现，好在朋友这时挺身相救，经过一场混战，辉和早濑未沙（土井美加 配音）醒过来，发现在一个荒芜的星球上。他们了解到，五十万年前，一个叫"普罗多"的古代文明发展到顶盛时，已经可以借遗传密码无性繁殖后代，于是国家分裂为由男性组成的"杰特拉帝"和由女性组成的"赫而特兰帝"开始了长达数万年的战争。在战争中文明急剧衰退了，曾经伟大的文化被遗忘殆尽，退化成了只会战斗的种族，为了维护和平，他们将会采取怎样的行动…… 《超時空要塞》是1982至83年间播出的一部电视动画，本片在其基础上精简改编而成。
“为什么谁都不记得真正的世界呢……！” 本是争夺地上霸权的五种族大战以英雄希德率领的人类胜利告终的时代；但是这个世界，在少年凯眼前突然被「改写」了。在被改写的世界里，凯所看到的是，由于英雄希德不存在，人类在五种族大战中败北的情景——在这里，龙和恶魔统治着地面，并且凯成为了被所有人遗忘的存在。但是凯遇到神秘的少女铃娜后，决心打破这被改写的命运。 在没有英雄的世界里，继承英雄的剑和武艺，挑战君临的强大敌种族。被世界遗忘的少年「取回真正的世界」空想超大作，开幕！
