在火焰魔女事件之后，莫凡再次投入到魔都学府的修炼中，但就在最关键的时刻，突然传来了好兄弟张小候失踪的消息。重感情的莫凡立即停止赛程，带着魔都血族好友柳茹共同赶赴古都，闯入了正处于妖魔活跃期的中心地带。
“红魔鬼”麦林的儿子麦当在地球上长大，他步入父亲后尘，决心找到被视为谎言的“彩虹海”，他依靠神奇力量突破邪恶组织“银河眼”设置的禁区，还邂逅了小星球国王咕咚。臣民因慑于炼丹师的阴谋，把咕咚变成兔子形状，可是他还是落入了炼丹师早已设置的圈套。麦当神勇地击败炼丹师，与咕咚驾飞船飞往彩虹海，可航线被星际联盟关闭，他们只好穿越死亡航线“魔鬼脚印”。历经艰险后，他们在天王星土著帮助下穿越冰雪迷宫，击败了强大的敌人，进入航行者遇难的雪流星。正当胜利在望之机，更大的危险出现了，太空海盗掳走了咕咚，海盗中还有功夫超群的英武少年米龙，麦当还能继续前进吗......
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
