故事发生在2029年，被病毒袭击的日本陷入了混乱之后被名为“GHQ”的暴力组织全面接手，政府逐渐成为了傀儡。在这样动荡的大环境下，樱满集（梶裕贵 配音）只是一名平凡的高中生，过着属于他的平凡生活，直到那个叫做楪祈（茅野爱衣 配音）的少女出现在他的眼前。 祈的真实身份为“葬仪社”的成员，这个社团以从GHQ的手上夺回日本自治权为目标不断进行着危险而残酷的战争。在组织首领恙神涯（中村悠一 配音）的引导之下，集成为了组织的一员，结识了同僚筱宫绫濑（花泽香菜 配音）和鸫（竹达彩奈 配音）等人。随着战斗的升级，各种迹象显示出集似乎拥有着神秘的力量，而躲在诸多敌人背后的究竟是怎样强大的存在，众人无从而知……
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电视动画《神无月的巫女》改编自日本漫画家介错原作的同名漫画。2004年6月22日，《神无月的巫女》动画官网开启。在漫画杂志《月刊少年Ace》2004年8月号（6月26日发售）上，正式发表了《神无月的巫女》TV动画化的决定。电视动画于2004年10月1日首播，全12集。远古之神"大蛇"企图灭世，因而产生了两位救世巫女。两位巫女经由不停地轮回转世，相遇后以两人之力封印住大蛇。而原本只是普通高中生、却为"日之巫女“转世的来栖川姬子以及"月之巫女"的转世姬宫千歌音，为了再次封印大蛇，不得不想办法召唤传说中的剑神"天之丛云"。大蛇的八个仆人们(人性的八个黑暗面)为阻止两人召唤天之丛云，而屡次对她们发动袭击；这时，原本应该是"大蛇"之一、排名顺序七的大神相马因为暗恋姬子已久，而背叛了大蛇的意志，屡次地拯救她们，但却又引发了另一场风波。不停轮回的两人，无法分离的命运，这是身为“神无月之巫女”的命运。
