再び大海原に飛び出した 千空達の旅路をお楽しみに‼
奇猫国遭到妙狗国的占领，小羊们变成猫出发营救，却被敌人出招击落。喜羊羊在妙狗国醒来，发现与同伴分散在了妙狗国的五层区域，历经千辛万苦，喜羊羊找齐伙伴并意外解开封印获得新奇力，谁料这一切都是狗国王的阴谋……
美雪（上野树里 饰）收到朋友的邀请函，邀请去“废墟之乡”小度周末，美雪喊上同学和青梅竹马的金田一（龟梨和也 饰）一同前往，临时被同学放鸽子，变成了2人独行。在废墟之乡的一家旅馆，同住的还有警察剑持（加藤雅也 饰）、摄影师、小说家、医生等几个人，旅馆员工凑青子温柔大方，旅馆老板在饭后给大家讲了当地流传的吸血鬼的故事。 50年前，这里搬来一户罗马尼亚人，被大家误以为是吸血鬼，村民放了一场大火，事后却没找到儿子的尸体，从此天天有人死于吸血鬼之口。50年后，一家三口搬到这里开了旅馆，经济泡沫导致破产后夫妇自杀，剩下的一个女儿6年前神秘死去，身上的血都被抽干了。 故事讲到这里楼上传来惊叫声，一名女子死去，美雪恰好是事件的目击者，次日又一而再再而三有人死去，所有的矛头都直指美雪，一直逃避侦探爷爷大名的金田一，为了保护最重要的人，决定找出案件的真相。
警方為應付未確認生命體而開發了G3系統，這套G3系統是根據未確認生命體4號即幪面超人古迦的力量而設計出來，裝著員是一位叫冰川誠的警員，為人真誠但略為粗獷。警方另一部門在荒島上發現了古代文明，並進行解碼。當未確認生命體再次出現，連G3也不是其對手時，神秘的金色幪面超人亞極陀登場，這個幪面超人是一位失憶的青年津上翔一變身，起初因未能控制而襲擊G3。 翔一暫住在美杉義彥的家，認識了擁有超能力的風谷真魚，真魚更幫助翔一四出尋找他失去的記憶，並遇上葦原涼。涼在父親的遺物中，發現一本記事薄，當中提及之姓名卻無人知曉，查探父親死因後，竟發現自己是另一個幪面超人－磯烙使。磯烙使是不完整的亞極陀，所以當涼變身磯烙使後會出現後遺証。有次他相當危險，幸得因超古代文明遺傳因子而誕生的青年所救。之後出現的未確認生命體也相繼被翔一，涼以及誠所打敗。 後來，涼誤會女朋友是被亞極陀所殺，造成磯烙使與亞極陀對峙的局面。又因亞極陀多次拯救G3，G3加入戰團對付磯烙使。可惜G3聯手亞極陀未敵磯烙使，警方有見及此更厲害的武器－G3-X。在G3-X和亞極陀合作下，未確認生命體雖然愈來愈厲害，但也被擊倒。 第三個幪面超人是由木野薰變身，他雖然會優先對付未確認生命體，但亦會對付磯烙使和亞極陀，因他認為世上有他就夠了。後來他被強化了的磯烙使所敗，又被涼所救而作出改變。 原來謎的青年是遠古使用闇力量的創造主，他今次派出水的精靈對付三個幪面超人及G3，起初四人不敵，但翔一打破恐懼，令亞極陀的力量再上一層，再合四人之力，將他打敗。 在警方和真魚的調查下發現翔一的姐姐木雪菜也曾經變成亞極陀，而其他擁有超能力的人最終也會變成亞極陀，真魚更發現她的父親的死和亞極陀有關而疏離翔一。這時闇的創造主親自出擊，要收回翔一等的力量。更決定殺盡所有人類，以免有更多的亞極陀誕生。他派出風、地、水三精靈，翔一、涼和誠的最後一戰在此展開。
故事发生在名为赫尔沙雷姆兹·罗特的虚构城市中，时空扭曲让异世界和人类世界发生了联结，生活在异世界中的古老种族“血界眷属”因此降临，给人类的安全造成了极大的威胁。为了维护世界的和平，一个名为“秘密结社莱布拉”的秘密组织在暗地里活跃地行动着。 雷欧（阪口大助 配音）本是一个平凡的少年，机缘巧合之下，他误打误撞加入了莱布拉，成为了惩奸除恶的一份子，继而结识了外表粗犷内心温柔的克劳斯（小山力也 配音）、个性开朗油嘴滑舌的扎普（中井和哉 配音）和外表普通实则是狼人的钱皇（小林优 配音）等人。这些志同道合的好友让雷欧的生活拉开了别样的序幕。
