公元1333年，为武士统治日本奠定基石的镰仓幕府，因其所信任的幕臣——足利尊氏的谋反而宣告灭亡。 失去了一切、被推入绝望深渊的幕府正统继承人——北条时行，在自称为神的神官——诹访赖重的手中引导下，逃离了化为一片火海的镰仓……。 在逃亡抵达的诹访之地，时行与值得信赖的伙伴结成了「逃少党」，并借由「逃跑」与「活下去」来克服重重苦难，逐渐磨练出作为率领大军之将领的实力。 另一方面，在京都的尊氏其权力正稳步扩张，而在镰仓，以尊氏之弟——直义为首的新统治也正大受欢迎。 在时代更迭的巨大浪潮中，时行夺回天下的这场捉迷藏，其结局将会走向何方——。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
为探究石化之谜，千空准备启程至石化发生源南美洲，他们促进了当地农耕和畜牧技术，并建造了帆船。千空率领成员出航前往百夜等人曾经居住的岛屿，与岛上的统治者荆棘及其部下交战，并夺得石化装置、取得胜利。位于石神村的琉璃用无线电向千空询问进展，但通讯却遭到拦劫，拦截者以千空的声音发出了足以将整个地球石化的石化装置启动指令……
