青虫怪利用监视蔬菜精灵的办法偷窥到了很多蔬菜精灵们的秘密，在得意之下他大肆宣扬，放了个大喇叭对着蔬菜园，循环播放自己观察到的秘密嘲笑蔬菜精灵们，蔬菜精灵们很生气，觉得自己的隐私被侵犯了，大家决定主动出击去找青虫怪算账。没过几天，蔬菜精灵们造出了一个空中播放器，他们要以欺人之道还治欺人之身，收集了青虫怪的癖好和隐私在空中播放，而且还会随着导航向其它的青虫居住地飞行，让青虫怪也尝尝隐私被人侵犯的滋味。青虫怪即恼怒又无可奈何，只好躲在贪吃府不出门，蔬菜园又可以维持一段时间的平静了。
在这个世界中，存在着一种“中间人”，他们可以吸收自杀者的生命粒子，并利用这些生命粒子延续濒死之人的生命。“中间人”叶晰的搭档尚敏突然失踪，在寻找尚敏的过程中，他发现了自己所处的组织的一些不为人知的黑暗。而这些，都和一个名为“克洛托”的计划有关……
“瞧一瞧看一看，暗芝居表演开始喽~” 伴随着稀疏冷清的鼓声，江湖艺人（津田宽治 配音）鬼魅的吆喝声再度响起，充满好奇心的孩子从四面八方聚过来，一同观看哪一个有一个让人胆战心惊并且回味起来已经冷汗直冒的恐怖故事。承接第一季，《暗芝居》的故事继续以洋片（紙芝居）的表现形式讲述短小精悍的恐怖故事，而此次制作阵容得到壮大，在恐怖领域占有重要席位的清水崇（《咒怨》）、井口升（《无限富江》）等导演相继加盟，无疑提升了本作第二季的恐怖指数。片尾曲方面，初音带来的《四十九日目》，其邪典气息不逊于前作。此外，官网依然不定期提供恐怖短篇小说，让爱好者们继续在幽暗的世界里徜徉。
建文等人为了救出七里，决定前往阿夏号，在阿夏号上遇到了女海盗七杀的刁难，艰难险阻之下救下了七里，但七里却因为自身背负的家族命运无法与建文离开，正当建文踟躇之时，燕王登基消息传来，又恰逢海藏珠现世，阿夏号上要召开比武大会；建文为了报仇，便下定决心要获得海藏珠的力量，开始苦练准备起比武大会。此时阴阳师等人复活邪神的阴谋也陆续浮出水面，建文在阿夏号上与阴阳师等人斗智斗勇。另一方面，骑鲸商团铜雀的到来，给七杀带来了新的消息，建文也许便是解开这一系列阴谋的“命定之人”，建文等人的故事又将走向何方呢？
