经历过一期的绝赞好评后，《少女前线：治愈篇2》重磅来袭！唯美青春的校园生活，变幻莫测的荒野求生，光怪陆离的宿舍传说等等，以及最重要的：全新角色的闪亮登场！新角色新故事新段子新画风，更多惊喜尽在全新一季《少女前线：治愈篇2》！
娇小害羞的千濑（前田亚季 饰）一直暗恋着同班同学修次（洼冢俊介 饰），终于，在鼓起勇气向修次表白之后，千濑和修次之间纯白的爱情之花绽放了。一天，札幌的上空突然飞来了大量的轰炸机，战争开始了，也就是从那时起，修次发现了深藏在千濑体内的秘密——向来人畜无害的千濑竟然被军方残忍的改造成为了“最终武器”。 尽管心中充满了恐惧与不忍，但只要遭到了攻击，千濑的身体就会不受控制地做出自卫反击，就这样，在短暂的幸福之后，千濑绝望而又无助的，作为兵器的余生开始了。看着身体和心灵都千疮百孔的女友，修次无法说出宽慰之语，他只能通过行动，默默的陪伴在千濑的身边。
サマーフェスから1か月が過ぎた頃、346グループ会長の娘で、米国の関連企業から戻ったばかりの美城常務がアイドル部門の統括重役として赴任する。成果が上がるまでの時間がかかりすぎている346プロの現状を問題視する常務は、全プロジェクトを解体して白紙に戻し、有望なアイドルを見定めて彼女らを中心に据える346ブランドの強化案を実行に移した。フェス後に順調に仕事を増やしてきたCPも影響を受け、プロジェクトルームも30階のオフィスから地階へと移ることになる。画一化されたアイドルの理想像を提唱する常務に対し、アイドル各人の個性の成長を重視するプロデューサーは対案として「シンデレラの舞踏会」企画を提示し、今期末（冬）までに一定の成果を出すことを条件に自由裁量権を得る。 強引な改革は346プロを徐々に変えていく。常務が有力なアイドルへの働きかけを続ける裏で、CPは「舞踏会」の為に更なるスキルアップに励み、その過程で常務の路線に難色を示す他部署のアイドルをも巻き込んでいく。やがて常務は自ら選抜したアイドル達で構成される新企画「Project:Krone」を発表するが、そのメンバー候補の中にはアナスタシアと凛も含まれていた。アナスタシアは自身の成長のためにあえて参加を決意し、その意を受けた美波と、CPの枠を越えてアイドル各人の将来を考え始めたプロデューサーの承認を受けて「LOVE LAIKA」との掛け持ち態勢に移る。一方、同じく「Krone」に選ばれた中学校時代の同級生・北条加蓮と、その相棒・神谷奈緒とのユニット「トライアドプリムス」に惹かれる「なにか」を感じた凛は卯月と未央に相談を持ちかける。未央は一度は「Krone」への参加に反発するが、凛が求めている「なにか」を自分なりに確かめるため、自分もソロ活動に挑戦することを宣言し、凛の背中を押す。 常務から各部署の査定会を兼ねるオータムフェスに急遽参加を求められたプロデューサーは、他部署からの応援を加えてCPを再編成する。
