水门都市普利斯特拉一战中，昴一行艰难取得了胜利，但代价却过于沉重。由于"暴食"的权能，蕾姆陷入沉睡，库珥修失去了记忆，而尤里乌斯则被夺走了名字。 在寻找拯救他们的线索的过程中，昴得知了那位据说能看透一切、拥有所有知识的"贤者"夏乌拉的存在。 下一个目的地便是贤者居住的"昴宿星团观测塔"——那是矗立在就连最强的"剑圣"莱因哈特都未能征服的大沙漠"奥古利亚沙丘"深处的、位于世界尽头的巨塔。 肆虐的自然灾害、未知的魔兽，以及超乎想象的威胁，重重险阻横亘在前。为了与同伴一起，夺回失去的一切，少年赌上性命的旅程就此拉开序幕——
初生的小牛犊将刚从荒漠飞来的云雀带入梦乡，梦中，云雀见证了牛来在多重力量的感召下，逐渐成长为一个敢于担当，直面生死的勇士。
在人类的历史和传说中记载着许多妖魔鬼怪的故事，很少有人知道他们是真正存在的，而它们的本来面目竟然是一种植物生命体。日本传说中的荒神也是这种植物生命体。而传说中被从高天原流放的天照大神之弟须佐之男竟然是它们的首领。而传说中他从八歧大蛇口中所救的女孩奇稻田姬则是代代转生，专为封锁荒神而存在的巫女，一旦巫女不能够自然死亡，那么日本所有的荒神就都将在第一时间死亡，但巫女活着又会制约它们的力量。所以历代的奇稻田姬都会在当时政府的严密监护下生活，而荒神们几百年一成不变的矛盾就是又想杀死又不得不保护。 到了藤宫红叶这一代，问题发生了变化，继承奇稻田姬力量的是一对孪生姐妹红叶和枫，由于封印力量的减弱，荒神们又逐渐恢复了力量，而须佐之男竟然也开始慢慢复苏。荒神们制造了一个结界，准备在里面杀死红叶，以确保自身不受影响。但一个神秘的少年草雉，却打算在荒神动手之前抢先杀死红叶。原来草雉是荒神们培养的秘密武器，八歧大蛇把自己的荒神力注入人类孩子的体内，那就是草雉。他为了摆脱控制，决定抢先杀死红叶，以便令所有的荒神死亡。然而，渐渐地他却对红叶产生了另外的感情……
