《咕噜咕噜魔法阵》讲述了一个这样的故事：在吉姆吉姆大陆上的一个小村庄吉米拉村，有一天，国王颁布了勇者召集令悬赏，如果有人能够消灭魔王将会得到五万R并且能够成为哥达国的王子。仁杰的父亲发现了召集令，为此训练他的儿子、强迫儿子成为勇者踏上旅程。吉米拉村有着旅行前不得不去拜访 魔法婆婆的规则，按照这个规则，仁杰到达了魔法婆婆的家，勇者被命令和能够使用咕噜咕噜魔法的米古米古族人歌莉一起踏上旅程。然后被国王认同是勇者的仁杰以打倒企图征服世界的魔王纪力而和歌莉开始了旅程。
故事就发生在名为哈吉布基的森林里。有一群小老鼠生活在这片森林中，在这里，像他们这样的小动物需要时刻提防体形更大的动物，比如森林里的狐狸，不然就会有被吃掉的危险。其中的一只小老鼠在家人遭遇危险之后终于决定做些什么：他要让森林里所有的动物都能接受一部法案，这样大家就能相亲相爱地生活在一起。
故事将以赛马娘们与练马师梦寐以求，一生只能挑战一次的经典三冠比赛皋月赏、日本赛马、菊花赏为主题，描述成田路、爱慕织姬、好歌剧等被称作三强的赛马娘，将抱着绝不认输的思绪，朝着顶点进发。
