《零度战姬》第二季（又名：零度战姬振动）故事围绕在和袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐青井和叶的少年和哉。青井和叶是传奇中的潘多拉（能与NOVA作战的少女），和哉为了继承姐姐的遗志，进入了潘多拉的专门学校「杰尼提克斯」，并成为了「禁止接触女王」莎堤莱萨·艾尔·布丽姬的制御者，从此他的生活便大大改变了。在因袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐青井和叶的少年和哉，编入了能够与NOVA对刚的战士以及其制御者的育成机关《杰尼提克斯》。在那里，和哉与被人称作《禁止接触女王》所畏惧着的少女，莎缇莱萨·艾尔·布丽姬相遇了。喜欢上了拥有姐姐背影的莎缇莱萨的和哉，在不停被拒绝的情况下仍旧与她共赴战场，慢慢的缩短了距离。在这时，由于《杰尼提克斯》的上层机关《修吧里诶》的命令，和哉被派遣到了阿拉斯加的基地。在那里，正进行着对抗NOVA的新对策，人工创造出潘多拉的《E潘多拉计划》。
大好真人（石谷春贵 配音）是一位非常平凡的男子高中生，和大部分的同龄男生一样，真人对游戏和那些勇者斗恶龙的古老传说有着很大的兴趣。唯一令真人感到困扰的是，他拥有一位对他过度保护和过度关心的母亲真真子（茅野爱衣 配音），虽然明白母亲是因为非常的爱自己才会如此表现，但母亲的爱常常令真人感到喘不过气来。 一场意外中，真人发现自己竟然被传送到了游戏世界之中，本以为终于能够摆脱真真子的束缚的真人万万没有想到的是，为了追随儿子的脚步，真真子竟然也紧随其后来到了游戏之中。不仅如此，真真子在游戏里还大受欢迎，人气非常之高。
