在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
孤儿女孩凌清捡到了一个弃婴，取名凌风，从此姐弟相依为命。凌风发现自己是玻璃脉，为了保护姐姐加强锻炼，结果意外暴毙。凌风进入了梦境发现自己原来是神武大陆武圣奇才，误饮了封印多年的太一真水，结果惨烈自焚，离奇重生武道变成玻璃脉的废材，醒来发现自己经脉都痊愈了。姐姐凌清患了寒冰魄，必须需要融血丹才能治愈。 为此凌风报考了灵武学院，经过选拔凌风获得选拔第一名，拜入美女炼丹师云梦门下学习炼丹。凌风有炼丹天赋，半个月后就成为了初级炼丹师。凌风体内有太一真水，武功修为成长也很快。学院跟莫云宗交流战，灵武学院弟子被莫云宗
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
