高中生弘树和彼方从小形影不离,感情非常好。一日弘树遇到了车祸,而出壳的灵魂却看到自己安然无恙的又活了过来。原来是具有神秘力量的少女PHALEI一直因为被认为会毁灭祖国而被关在黑暗的地牢里,身体也一直停留在14岁状态,她找到弘树的灵魂成为她追求的光芒。于是制造了车祸想夺走弘树，弘树进入了彼方的身体,和另一个自己对面,争执中两人落入大海。PHALEI发现无法强求到爱,于是把时间拨回到弘树出车祸的时刻,借助彼方的力量,在重演的事件里弘树成功生还,灵魂也终于回到了自己的身体里。
在某个时间点的日本，突然出现了文学书全部被染黑的怪异现象。 这是由书中带着负面情绪诞生的“侵蚀者”所导致的灾难。 被侵蚀的文学书，会逐渐地从人们记忆中消失，最后变得像是从一开始便不曾存在过一样。 于是，有特殊能力的“炼金术师”作为特务司书被派遣至图书馆， 为了对抗破坏书 中世界的“侵蚀者”、为了守护文学，与转世的文豪们一起战斗。
