故事的舞台在现代的东京。在这个世界中魔法使的存在被认为是很普通的事情。只要通过正式的办理手续，谁都可以成为拥有魔法的魔法使。虽然如此，但它和我们所住的世界还是没什么区别的。电视、移动电话、电脑这些东西也都有，汽车也是靠汽油开动的.为了营造画面真实感，片中的场景就像建筑广告，而熙来攘往的人群、电车，都与现实世界无二
《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
娇小害羞的千濑（前田亚季 饰）一直暗恋着同班同学修次（洼冢俊介 饰），终于，在鼓起勇气向修次表白之后，千濑和修次之间纯白的爱情之花绽放了。一天，札幌的上空突然飞来了大量的轰炸机，战争开始了，也就是从那时起，修次发现了深藏在千濑体内的秘密——向来人畜无害的千濑竟然被军方残忍的改造成为了“最终武器”。 尽管心中充满了恐惧与不忍，但只要遭到了攻击，千濑的身体就会不受控制地做出自卫反击，就这样，在短暂的幸福之后，千濑绝望而又无助的，作为兵器的余生开始了。看着身体和心灵都千疮百孔的女友，修次无法说出宽慰之语，他只能通过行动，默默的陪伴在千濑的身边。
