1889年，世界正处于工业革命蓬勃发展的时代，国与国之间交往密切，距离一下子被拉近。然而贪婪仍是主流，欧洲列强在亚非地区展开掠夺，战争的阴影始终笼罩在世界的上空。当年在法国巴黎举行的万国博览会上，酷爱发明的14少年让（日高のり子 音）结识了来自马戏团的女孩娜蒂娅（鷹森淑乃 音）。黑色的头发、褐色的皮肤以及周身散发的神秘气质另让倍感好奇，而他很快便和娜蒂娅卷入一场纷争之中。钟爱宝石的格兰蒂斯及其两个手下汤姆和汉森对娜蒂娅胸前佩戴的蓝宝石展开围追堵截，他们此时还不知道，这块宝石隐藏着惊人的秘密。在接下来的日子里，让和娜蒂娅围绕这颗宝石展开了一连串的大冒险…… 本片根据科幻小说《海底两万里》和《神秘之岛》改编。
小桥若叶（小泽亚李 配音）是含着金汤匙出生的千金大小姐，从出生那一刻起就过着锦衣玉食的尊贵生活。这样的她本来可以进入贵族学校水莲女学院，和许多同她一样的千金一起学习生活，却因为成绩实在太差而考入了普通的女子高中。就这样，完全不谙世事，对成为辣妹有着无限幻想的若叶成为了一名普通的女高中生。 个性天真懵懂，拥有一手好厨艺的时田萌子（井泽美香子 配音）、特立独行，总是按照自己的想法行动的酷女孩黑川真鱼（市道真央 配音）、拥有高超的运动天赋却整日沉迷在腐女子的世界中的眼睛少女真柴直（村川梨衣 配音），在新的学校里，若叶很快就结交到了三名好友。
2008年——神秘势力的出现，
动漫、游戏、漫画、音乐、铁路、cosplay等所有御宅文化都被排除的日本。
周边被收容，宅男被以保护的名义镇压，
人们仿佛失去了自我，毫无疑问。
被负责维持秩序的组织“SSC”蹂躏，宅男以为已经灭亡了——
但是，夺回被封锁的秋叶原后，出现了揭竿而起的人。
年轻的革命者“御宅英雄”——比什么都热爱御宅文化，比谁都热爱秋叶的男人。
还有仰慕他的3个魔法少女——“无政府”、“蓝”、“粉”。
以2011年的日本为舞台，聚集在自由之旗下的宅男们——
秋叶革命军，挑战SSC首领“SHOBON”的壮烈的战斗。
为了这个可以破坏混沌和秩序，尽情地喜欢自己喜欢的东西的世界。
聚集在自由旗帜下的宅男们啊。
夺回被剥夺的文化
掀起OTAKU COUNTER CULTURE !
