故事发生在洋溢着青春气息的神奈川高中内，祇园健次（千叶翔也 配音）是刚刚进入这所学校就读的高一新生，在阴差阳错之下，他结识了名为石清水澄明（安达勇人 配音）的男生。石清水澄明虽然拥有高大壮硕的身材，性格却格外的懦弱胆小，刚进学校没多久就遭到了高年级同学的霸凌，健次身材娇小，但脾气却很爆，多亏了有他的帮助，石清水澄明才勉强脱身，健次也因此得到了加入橄榄球社团的契机，成为了一名橄榄球预备队员。 在球队里，健次结识了很多志同道合的伙伴，最为年长德高望重的赤山濯也（细谷佳正 配音）、整天笑嘻嘻的好好先生八王子睦（逢坂良太 配音）以及拥有丰富的比赛经验，性格十分傲慢的大原野越吾（小野贤章 配音）。
科学家本（Zach Galifianakis 饰）隶属于美国政府某个秘密部门，它通过高科技手段训练豚鼠说话与思考，并将它们培养成特工人员。然而，本的部门却面临被FBI关闭的局面，为了证明他和豚鼠特工的能力，本向豚鼠特工队的负责鼠达尔文（山姆·洛克威尔 Sam Rockwell 配音）下令，要它们潜入赛博林工业的CEO罗纳德·赛博（Bill Nighy 饰）的办公室，寻找罗纳德向中东国家出卖可用于军事的高科技芯片的证据。达尔文毫不怠慢，带着布拉斯特（崔西·摩根 Tracy Morgan 配音）、华蕾斯（佩内洛普·克鲁兹 Penélope Cruz 配音）、苍蝇莫奇和斯贝克斯（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 配音）等成员迅速展开行动。 这群豚鼠特工队员体型虽小，却身怀绝技，它们成功闯入罗纳德的办公室，并下载到重要资料。然而，这场冒险才刚刚开始……
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时空之隙开启，书院众人来到了现代课堂，新课堂新老师新朋友，可爱的小伙伴们又会产生什么样有趣的故事呢？航天知识的小剧场即将开讲啦！敲黑板！记得认真听课，科学小记者们还有很多小知识要传授给大家哦！！
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