全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
灵气复苏的都市，妖魔入侵威胁来袭，天生废灵根的少年秦雨体内意外觉醒神力，被选中成为神秘至强功法万物生的传承人。秦雨加入东大高武学院后逐渐结识侠肝义胆的一群伙伴，一起修炼成长，共同守护校园和人族星球。
小桃与厄卡伦踏入神秘温泉小镇，极具威胁的敌人即将现身……
通过几位当事人的视角，旁白叙述中动画与资料影像拼接还原出令人揪心的案发经过，它用这种方式使观众能更自然地了解与代入这个发生于50年前的枪击案，其专注于几位当事人关键抉择的悬念塑造，与之后插入的真人采访录像，以及有意忽略凶手的叙事策略，表明影片重点是关于几位普通人的伟大抉择与伤痛回忆。
