水门都市普利斯特拉一战中，昴一行艰难取得了胜利，但代价却过于沉重。由于"暴食"的权能，蕾姆陷入沉睡，库珥修失去了记忆，而尤里乌斯则被夺走了名字。 在寻找拯救他们的线索的过程中，昴得知了那位据说能看透一切、拥有所有知识的"贤者"夏乌拉的存在。 下一个目的地便是贤者居住的"昴宿星团观测塔"——那是矗立在就连最强的"剑圣"莱因哈特都未能征服的大沙漠"奥古利亚沙丘"深处的、位于世界尽头的巨塔。 肆虐的自然灾害、未知的魔兽，以及超乎想象的威胁，重重险阻横亘在前。为了与同伴一起，夺回失去的一切，少年赌上性命的旅程就此拉开序幕——
本剧讲述超级飞侠与超级宠物们继续乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在山东潍坊，他们帮助小宝成功放飞了巨型章鱼风筝；在菲律宾，他们通过特制音响和扩音设备，帮助一个叫利娅的女孩达成了和鱼儿交朋友、一起唱歌的愿望。尽管遇到不少困难，但超级飞侠和超级宠物们每次都会用炫酷的装备和丰富想象力的办法，圆满地解决问题。
从小，安琪莉可（远藤绫 配音）的梦想就是能够成为一名医生，给需要帮助的患者带来健康和希望，即便是父母被魔兽袭击身亡也没能够改变安琪莉可坚定的决心。一次偶然中，在医院工作的安琪莉可发现自己拥有能够净化魔物的神奇能力，在周遭同伴的鼓励和支持下，她毅然决然的加入了名为Aube Hunte的组织，踏上了一条充满了危险和争斗的道路。 在净化魔物的旅途中，安琪莉可结识了直率坦诚的雷因（高桥广树 配音），稳重可靠的尼克斯（大川透 配音），温柔善良的杰德（小野坂昌也 配音），忠心耿耿的修迦（小野大辅 配音）等人，在他们的帮助和保护下，安琪莉可逐渐成长成为了可以完全消灭魔物的女王。
