藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
市丸恭介（真殿光昭 配音）是一个外表和内心都十分朴素的青年，目前就职于一所高中担任物理老师的职务。虽然个性有些木讷害羞，每天都过着两点一线的枯燥生活，但是恭介在教员和学生之间却有着意外高昂的人气。其实，恭介有着一个天大的秘密，他不仅已经结婚，并且，其结婚的对象，居然是在同一学校就读的女子高中生小野原麻美（川澄绫子 配音）！ 17岁的麻美和恭介的感情十分要好。在学校里，她是他的学生，一回到家，她便是他的娇妻。为了遵循父亲的意愿，在同学面前，麻美和恭介必须严格保守着他们的秘密。可是，世上没有不透风的墙壁，还是有一些人察觉到了两人不寻常的关系。两人的命运和爱情会怎样呢？恭介能够平安的等到属于麻美的毕业季的到来吗？
懦弱，总是被欺负的“白金春” 以最强的男人为目标，从海的对面走来的“太古” 两个少年在某个黄昏，是最强的XB播放器遇到了MINATO Live的队长“神谷瞬”。 与此同时，散布在新东京的各种演唱会上他试图遭受巨大的威胁。 根据新东京国王“凤天心”的命令神秘男子“凤王次郎”率领的千代头三人组开始压制全国的三人组。 那个魔手，也正准备着到MINATO Live…。 “想改变自己” “总之以最强为目标” “只是，我想享受XB。” 为了贯彻自己绝不让步的信念春、太古、神谷站在XB的击球位置上——！
