在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
故事以近未来的地球为舞台，讲述善良小男孩剑斗和恶魔宝宝安娜的故事，一人一魔携手踏上大冒险，希望能拯救剑斗的母亲。
忽然有一天早上，极度怕麻烦的高一男生江浩一迎来了噩梦的开始：校花竟然前来声称怀了自己的孩子?学姐前来斥责自己劈腿？……男主人公江浩一，凭借“爱神巧克力”的力量，获得了从天而来的美少女后宫。粉色系大小姐夏紫瞳，运动少女唐瑄，学霸眼镜娘林渊，再加上原本就喜欢着江浩一的病娇黑长直欧阳雪梨，还有一个每次出场都在吃东西的爱神妹子。江浩一的后宫里，你最喜欢哪一个呢？
