未来世界库库鲁长大成人，即将加冕成为古灵仙族的国王，女神安琪儿与新一任花仙魔法使者“圣洁之光”雪城爱一起守护着拉贝尔大陆的和平，人们生活在宁静祥和之中。然而黑暗魔王借着人们内心的私欲逐渐壮大，他利用芬妮公主对安琪儿的嫉妒之心再一次发动侵袭，妄图抢夺神秘力量，花之法典中的花仙精灵被尽数黑化，拉贝尔大陆岌岌可危。危急关头，安琪儿女神不得不打开时空之门，将雪城爱与库库鲁送回过去的地球，去找到那个命定的魔法少女寻求帮助……
一处位于乡下的宁静村庄，发生家畜陆续诡异死亡的奇妙案件。为了解决这起案件，一位穿着一身显眼服装，名叫「隐神」的男子，被从东京找来到此地。就在调查途中，男子与一名居住村内，被旁人叫「泥田坊」，有着神秘气息的少年相遇。一则波澜万丈的怪物物语，就此揭开了序幕──
曾经的一场人魔大战令两方人马都元气大伤，如今，战争的硝烟已然散去，却遗留下了诸多的难题要一一破解。人类为了赢得战争而锻造了大批拥有强大力量的武器，人们称之为“神诲魔械”，战争结束后，这批破坏力强大的武器的去向则成为了需要解决的首要问题，大家都同意将它们交由护印师来保管。 丹衡（平川大辅 配音）和丹翡（中原麻衣 配音）兄妹两，身为护印师，担负起了保管最强兵器“天刑剑”的职责，却也给两人引来了杀身之祸。最终，天刑剑还是落入了蔑天骸（关智一 配音）的手中。为了追回魔剑，丹翡踏上了旅途，期间结识了凛雪鸦（鸟海浩辅 配音）和殇不患（诹访部顺一 配音）两人。
时空之隙开启，书院众人来到了现代课堂，新课堂新老师新朋友，可爱的小伙伴们又会产生什么样有趣的故事呢？航天知识的小剧场即将开讲啦！敲黑板！记得认真听课，科学小记者们还有很多小知识要传授给大家哦！！
