科学家本（Zach Galifianakis 饰）隶属于美国政府某个秘密部门，它通过高科技手段训练豚鼠说话与思考，并将它们培养成特工人员。然而，本的部门却面临被FBI关闭的局面，为了证明他和豚鼠特工的能力，本向豚鼠特工队的负责鼠达尔文（山姆·洛克威尔 Sam Rockwell 配音）下令，要它们潜入赛博林工业的CEO罗纳德·赛博（Bill Nighy 饰）的办公室，寻找罗纳德向中东国家出卖可用于军事的高科技芯片的证据。达尔文毫不怠慢，带着布拉斯特（崔西·摩根 Tracy Morgan 配音）、华蕾斯（佩内洛普·克鲁兹 Penélope Cruz 配音）、苍蝇莫奇和斯贝克斯（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 配音）等成员迅速展开行动。 这群豚鼠特工队员体型虽小，却身怀绝技，它们成功闯入罗纳德的办公室，并下载到重要资料。然而，这场冒险才刚刚开始……
テレビアニメ「けものフレンズ」の新作映像の制作が決定した。
电影分为三个可爱的小故事。 一天，在风景怡人的农场里，小猪、兔子和鸭子见到了一个人类的小宝宝。负责护送小宝宝的鹈鹕拜托三只小动物将宝宝平安的送到他的人类母亲的手中，就这样，三只有些脱线的动物踏上了旅途。 大坏狐狸一心想要将肥美的母鸡当做自己的盘中餐，无奈母鸡太过强大，狐狸根本不是她的对手。既然打不过母鸡，狐狸将“魔爪”伸向了母鸡正在孵的三枚鸡蛋，狐狸决定将这三只小鸡孵出来养大之后再把他们一一吃掉。然而，三只小鸡似乎将狐狸当成了他们的妈妈，亦以为他们自己也是狐狸。 圣诞节就快要来了，农场里的动物们都欢天喜地的准备迎接圣诞老人的到来。然而，鸭子和兔子却在一场意外之中“杀死”的圣诞老人。
