《雄兵连》系列是国内首部3D军事科幻题材动漫作品，《雄兵连3雷霆万钧》为该系列故事最新续作，剧情承接上一季，讲述地球与天使阵营结盟，共同对抗外星恶势力的故事。
在这众人都会魔法的世界，魔力高低成为了衡量地位的标准，而不会使用魔法的人则会遭到处决。马修天生不会使用魔法，被养父藏匿起来照顾。他为了自己跟家人能平安生活，决定用长年锻炼出来的一身肌肉与世界抗衡。
主角大狼十三自小被组织捡养，并成为传说级杀手。某次任务中，他遭到神秘生物兵器刺中，竟意外变回中学生的模样，从此开始了国中生活……
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
东历1008年，这是一个盛行弹珠游戏的异世界。少年欧阳小枫为了寻求弹珠的更高技艺而寻找传说中的弹珠仙人拜师学艺，之后在弹珠仙人所在的仙珠山遇到了其他四个并肩作战的好朋友，他们凭着正义，执着，信任，善良，勇气一起都成为了弹珠仙人的徒弟。黑暗中的鬼伯爵一直虎视眈眈着弹珠仙人的五大神圣弹珠战机，想要得到五大弹珠魔神，得其强大的力量，继而统治整个弹珠异世界。为了拿到五大弹珠魔神和流落民间的“弹珠戒指”与“弹珠权杖”，鬼伯爵势要铲除欧阳小枫等五战士，鬼伯爵决定通过三场比赛的递增，得到“弹珠权杖”和“弹珠戒指”，然后依靠其强大的力量再夺取五大圣神弹珠战机……
