故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
虽然贵为公主，但艾丽莎（劳拉·贝莉 Laura Bailey 配音）的个性实在是太过于活泼了，常常在宫里惹出各种各样的麻烦需要爸爸妈妈帮她善后。为了学习宫中的礼仪，艾丽莎被送到了女王处，严格又古板的女王令艾丽莎头痛不已，她一点都不想变成一个真正的翩翩优雅的公主，她真正想要当的其实是一名海盗！ 在罗杰斯勋爵的帮助下，艾丽莎拥有了属于她自己的船，一行人开始了他们在大海上的旅程，途中，众人来到了一座神秘的小岛上，在那里，艾丽莎结识了卢卡斯（尤里·洛文塔尔 Yuri Lowenthal 饰）。岛上生活着许多凶猛的野兽，艾丽莎决定帮助卢卡斯逃离这里。
由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。 就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
