曾经险些遭到魔神毁灭的世界，拯救它的是一位被后世称为“魔法帝”的魔导士……两位被遗弃在教堂的少年，一位是有卓越魔力跟魔法才能的四叶草魔导书的尤诺，另一位魔法值为零但却意外获得黑色五叶草的魔法书的亚斯塔……这是关于一位没魔法能力的少年却想要成为魔法帝的故事。
故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。
八万年前，一代至尊星辰大帝被自己的妻子红尘仙女暗害而亡；八万年后，大帝神魂意外重生在了清风帝国天星学院的废物杨尘身上。然而原主的身世卑微，不过一介家仆之子，一直被家中大少爷欺压。继承原主因果的杨尘，借炼丹师上门主家做客之机，以大帝的底蕴眼界，开始在炼丹师群体中刷新声望，借力打力，为自己撑起了初期的庇护网。 立足稍稳的杨尘，为了体会八万年的世间变化，起初仍蛰伏在天星学院中默默提升实力。不过十分巧合地，他发现自己的同学中，居然有八万年前义子的孙辈。在辗转与义子相认，了解到八万年的世间种种后，杨尘坚定了向红尘仙女复仇的决心。决心独自踏上复仇之路的杨尘，为了不留下遗憾，开始以天星学院为起点，横扫帝国的沉疴痼疾，为自己此世的亲朋创造一个稳定和谐的家园。
