昭和20年，太平洋战争刚刚落下帷幕。经历了惨烈战火的日本山河寥落，百废待兴。生活在最低层的人们凭借一双勤劳的双手艰难求生。废墟上的东京，小商贩们渐渐云集，靠着他们物美价廉的美食为贫穷的手工业者提供果腹之餐，而立食师的神话也就此拉开序幕。月见之银二（吉祥寺怪人 配音）最早登场，长发飘飘宛如仙人的老者在霸王餐界打出名堂。在此之后，狐炸肉饼之阿银（兵藤真子 饰）、汉堡之阿哲（川井宪次 饰）、牛肉盖浇饭之牛五郎（川井宪次 饰）等传奇立食师相继登场，为二战后的日本发展史做出了异样的注脚…… 本片由动画导演押井守根据自己2004年出版的同名小说改编。
聪明活泼的天才少女小塔无意中走进充满神秘的答案铺，在这里遇见了充满秘密的老密和古灵精怪的粉色小龙小Q，在这里所有的问题都可以得到答案。在小Q的帮助下，小塔成功获得了忘忧光光器，并帮助母亲忘记了父亲去世的痛苦。然而小塔正高兴时却发现，母亲不仅忘记了父亲去世的痛苦，也忘记了父亲已故的事实。为了帮妈妈重新找回记忆，小塔带着忘忧光光器急忙赶回答案铺，不想，一场意外使得忘忧光光器将小塔带入忆世界，这里充满神奇异兽，惊险重重。在这里小塔遇到了和善可爱的忆狗、神奇的飞天蘑菇、充满力量的树人、渴望力量的西帝……在忆世界里小塔踏上了充满勇气与回忆的奇妙之旅。
月落和亚晨是一对双胞胎兄妹，他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生，被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格，一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在，被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见，各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子，而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵，试图夺取他们的力量，因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
主角大狼十三自小被组织捡养，并成为传说级杀手。某次任务中，他遭到神秘生物兵器刺中，竟意外变回中学生的模样，从此开始了国中生活……
在为“杀意之波动”所困扰的隆的面前，出现自称是弟弟的少年瞬。与瞬相处一段时间后，隆逐渐与他产生了兄弟之情。在格斗比赛中，和隆一样展现出“杀意之波动”的瞬被人绑架了。瞬真的是隆的弟弟吗？绑架瞬的人到底有什么目的？
