菜月昴（小林裕介 配音）是一位平凡的十七岁高中男生，某日，离开便利店准备回家的他突然被召唤到了异世界。人生地不熟的菜月昂很快就遇到了麻烦，在此危急时刻，名为爱蜜莉雅（高桥李依 配音）的神秘少女带着灵猫帕克（内山夕实 配音）出现在了菜月昂的面前，成为了他的救星，为了报答少 女的恩情...
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
无法拒绝别人请求的老好人少年铃木入间，意外地成为了魔界大恶魔沙利文的孙子！ 受到溺爱的入间，开始到沙利文担任理事长的恶魔学校去上学……虽然感到困惑，但入间还是和阿斯莫德、克拉拉等同班同学一起过着愉快的学园生活。本以为已经习惯了魔界，但就在这样的某一天，更进一步的磨难降临到他的身上！戒指开口说话，入间…变成不良少年了！？入间波澜万丈的恶魔学校生活仍将继续！
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
