在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
户外实践归来后，萤草老师暂时隐退养伤，而SSR班却迎来了新的难题--升星考试!面对这位“严格的”校长助理白藏主，同学们将面临全体留级的巨大危机!而另一边，酒吞和茨木却震惊的发现:一向相亲相爱的SSR班中，竟然还混入了神秘的身份--风纪委员。面对内外双重危机的SSR班同学们，即将迎来如同狂风骤雨般的新一轮挑战!
该剧主要围绕于愤世嫉俗的疯狂科学家瑞克·桑切斯和他容易受挫折的外孙莫蒂·史密斯在自己的生活和其他异空间穿梭的奇妙冒险。
东田大辅（中村悠一 配音）是一位平凡不起眼的男子，因为家境实在贫困，于是不得不来到一间家庭餐厅打工以维持生计。东田虽然其貌不扬，却有着十分认真踏实的性格，因此深受上司和后辈的信赖。然而没过多久，东田就发现，这间看似普通的餐厅，其实有着非常大的问题。 工作出色的女高中生领班宫越华（户松遥 配音）、活泼开朗的千金大小姐镰仓志保（雨宫天 配音）、浑身散发着魅力的轻浮男公关进藤祐太（小野贤章 配音）、沉默寡言拥有着超强灵能力的村主小百合（日笠阳子 配音），餐厅里唯一的正常人足立正广（内山昂辉 配音），在这些人的围绕下，东田会迎来怎样的打工生活呢？
马文·弗洛特可能是有史以来最伟大的侦探，但他仍然无法解开一个谜团：他的家人，他将遵循每一条线索，与他从未停止过爱的前妻一起救赎自己。
