伊森的家园被一隻龙给摧毁，他于是展开旅程，企图彻底歼灭龙族。一名随从出现在他身边，矢言保护他的性命，然而等在伊森前方的危险却远远超过两人想像。当你对抗怪兽……兽性恐怕也会直扑上身。
魔法仙子现在回到了地球，并受到了人们的热烈欢迎与爱戴。在安卓斯海洋世界，那普顿王正要册封他的孩子泥利斯成为下一个掌管海洋皇帝，但仪式进行到一半的时候，被一直想要争夺王位的天那斯——泥利斯的哥哥搞砸了。天那斯企图阻止这场登基大典发生，利用三叉戟将泥利斯弄伤，但最后被击败，并没收了他的魔法，送进了牢狱。在牢狱里，天那斯遇上了三妖后。一座石油钻机，于海中央发生了爆炸事故，导致石油泄漏，魔法仙子被要求协助停止这场可怕的环境污染。蓝天想要将一条象征幸福未来的项链送给蕾儿，寓意未来在一起的日子会幸福快乐，但是他在拯救石……
阵界斗从东京转学到爱知县，原本界斗就是一个土生土长的东京人，转学到爱知后，界斗自己还期待周围的同学会说当地的方言，展现独特的生活习俗，但界斗想的太多，同学并没有什么特别明显的不同。直到界斗遇到后辈八十龟最中，加入了学校的写真部，才开始真正的接触爱知地区的名古屋文化与名古屋方言，作为土生土长的名古屋人，八十龟最中对于作为东京土著的阵界斗有一种莫名的对抗感，阵界斗与八十龟酱就在轻松的日常中，介绍名古屋的风土人情。之前名古屋当地为了促进观光，还任命八十龟酱为名古屋观光大使——
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
