在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
小埋，复活！在房间无限展开的宇宙，再临……！ 在外人人称羡的才色兼备“美妹”，一回到家，就变身成不为人知的一心犯懒“干物妹”……！？极尽无所事事之能事的干物妹小埋，一手可乐一手薯片，沉浸于漫画、游戏、动画、网络……，将一同生活的哥哥太平放置在旁，忠于欲望向前突进！和同班同学海老名、切绘、希尔芬的关系也逐渐加深，小埋的日常变得越来越热闹！！！ 小埋的最强、最棒的日常，再次开始！
在一个地方，宝石宠物和人类和睦的在一起生活着。这时候茱莉亚女王拜托了宝石宠物，叫他们收集魔法宝石，并且给露比等人魔法宝石箱...
