遥远的，遥远的，时空的彼方。 宇宙里有一群自称为“黄金一族”的人。 创造星群、拥有预知未来能力的他们，向其他还没有成熟的种族发出了呼唤：“启程吧！从自己的母星，到宇宙去……”。 三个种族回应了他们的呼唤。 黄金族把他们分别称为：白银族、青铜族、英雄族。 当黄金族决定离开这个宇宙，到另一个宇宙去时，出现了新的回应者——靠着自己的力量冲出宇宙的第四种族——人类。 黄金族把他们称为“黑铁族”。
个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥（田村由加莉 配音）、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵（能登麻美子 配音）、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃（钉宫理惠 配音），活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友，过着平凡的校园生活，但每当夜晚来临，她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。 三人的目标，是寻找价值连城的天使像，邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它，企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人（桧山修之 配音）、随叫随到的万能管家长月平之丞（清川元梦 配音），是他们在背后默默的支持着少女们。
时空之隙开启，书院众人来到了现代课堂，新课堂新老师新朋友，可爱的小伙伴们又会产生什么样有趣的故事呢？航天知识的小剧场即将开讲啦！敲黑板！记得认真听课，科学小记者们还有很多小知识要传授给大家哦！！
在舞花、绘麻之后，咲夜、辉夜也加入了星睦学园。 充满光辉的宝石礼服也会登场！！爱音和美绪的偶像活动还在继续！
经过重编的新故事，分上集《背叛之翼》和下集《太阳之翼》播出，剧情与TV版完全不同。
电影分为三个可爱的小故事。 一天，在风景怡人的农场里，小猪、兔子和鸭子见到了一个人类的小宝宝。负责护送小宝宝的鹈鹕拜托三只小动物将宝宝平安的送到他的人类母亲的手中，就这样，三只有些脱线的动物踏上了旅途。 大坏狐狸一心想要将肥美的母鸡当做自己的盘中餐，无奈母鸡太过强大，狐狸根本不是她的对手。既然打不过母鸡，狐狸将“魔爪”伸向了母鸡正在孵的三枚鸡蛋，狐狸决定将这三只小鸡孵出来养大之后再把他们一一吃掉。然而，三只小鸡似乎将狐狸当成了他们的妈妈，亦以为他们自己也是狐狸。 圣诞节就快要来了，农场里的动物们都欢天喜地的准备迎接圣诞老人的到来。然而，鸭子和兔子却在一场意外之中“杀死”的圣诞老人。
King Sombra曾经统治小马国边缘的水晶王国，带来了无尽的苦难。后来他被塞拉斯迪亚公主和露娜公主联合击败，变成阴影，并被放逐。 一千年后，King Sombra卷土重来，想要重新统治水晶王国。大公主希望暮光闪闪一行去保护水晶王国，免受King Sombra的再度袭击。他们克服重重困难和阻挠，去保护水晶王国，并让那里再度恢复生机。
