藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
故事发生在一间名为“燕雀”的侦探社之中，坐镇其中的，是名为洛基（樱井孝宏 配音）的美少年侦探。虽然表面上看来只是一个小孩子，但洛基的真身其实是北欧神话中的邪神，因为作恶多端而被放逐人间，在此期间陪伴着洛基，照料他饮食起居的，是原型为一条巨蟒的暗野龙介（三木真一郎 配音）。 一次偶然中，一个名为大堂寺茧良（堀江由衣 配音）在无意之间闯入了燕雀侦探社之中，她希望洛基能够帮助她替一个会说话的洋娃娃找到曾经的主人。一番波折之后，事件总算顺利解决，而在此之后，茧良竟然自说自话地成为了洛基的助手，两人一同面对的，是各式各样科学难以解释的灵异事件。
科学家本（Zach Galifianakis 饰）隶属于美国政府某个秘密部门，它通过高科技手段训练豚鼠说话与思考，并将它们培养成特工人员。然而，本的部门却面临被FBI关闭的局面，为了证明他和豚鼠特工的能力，本向豚鼠特工队的负责鼠达尔文（山姆·洛克威尔 Sam Rockwell 配音）下令，要它们潜入赛博林工业的CEO罗纳德·赛博（Bill Nighy 饰）的办公室，寻找罗纳德向中东国家出卖可用于军事的高科技芯片的证据。达尔文毫不怠慢，带着布拉斯特（崔西·摩根 Tracy Morgan 配音）、华蕾斯（佩内洛普·克鲁兹 Penélope Cruz 配音）、苍蝇莫奇和斯贝克斯（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 配音）等成员迅速展开行动。 这群豚鼠特工队员体型虽小，却身怀绝技，它们成功闯入罗纳德的办公室，并下载到重要资料。然而，这场冒险才刚刚开始……
本片是迪斯尼2003年《熊的传说》的衍生剧情，可奈（帕特里克·德姆西 Patrick Dempsey 配音）变成熊以后，和小熊柯达（杰瑞米·苏雷斯 Jeremy Suarez 配音）生活在一起，成为形影不离的兄弟，有时在梦中也会想起从前还是人时的事情，以及小时候青梅竹马 的女孩尼塔（曼迪·摩尔 Mandy Moore 配音），回忆起和尼塔一起去哈卡你瀑布似的事情，他曾在那里把自己的链坠送给尼塔。许多年后，尼塔长大成人，是谈婚论嫁的时候了，此时的可奈身边也有了一个形影不离的好伙伴柯达，它们无忧无虑地生活在丛林里。 尼塔终于要出嫁了，婚礼简朴却不失隆重，但就在新郎将要执起新娘的手时，神却在这时指示说：不行，他们不能成婚。原因是尼塔从小时候起就已经爱上了另外一个男孩——熊男孩可奈。神给了尼塔三天时间，要她携同看一起去他们定情的地方把项链烧毁。于是，尼塔找到可奈，连同柯达三人开始了一段不寻常的旅途……
