故事讲述了三个女孩在动物伙伴们的帮助下拥有了神奇的动物之力，变身超级英雄抵抗邪恶势力，守护青竹城的和平与正义。
伊森的家园被一隻龙给摧毁，他于是展开旅程，企图彻底歼灭龙族。一名随从出现在他身边，矢言保护他的性命，然而等在伊森前方的危险却远远超过两人想像。当你对抗怪兽……兽性恐怕也会直扑上身。
同时拥有显赫出身和悲痛过去的卡路尔·阿巴斯（花江夏树 配音），以庶民的身份和无血缘的妹妹艾丽尔（竹达彩奈 配音）登上伊斯拉，前往凯格斯高中飞行科学习。伊斯拉是一座漂浮在半空中的陆地，由巴雷特洛斯共和国等三个国家共同管理。在动力的驱动下，伊斯拉开启了遥远的征程，前往传说中的圣泉寻找“天空的尽头”。然而仅有极少数领导层成员知道，伊斯拉此行还有另一个不可告人的使命。卡路尔偶然邂逅了贵族女孩克莉亚·库鲁斯（悠木碧 配音），他们彼此互生好感，并结成飞行训练搭档，但卡路尔却不知晓他和这个女孩有着怎样痛苦的孽缘。满怀理想的少男少女遨游长空，等待他们的是何等严酷的命运…… 本片根据犬村小六（小说）、森泽晴行（插画）创作的轻小说改编。
原作ライトノベルは中高生を中心に絶大な人気を誇り、テレビアニメも大好評の「灼眼のシャナ」。初映画化となる本作では、原作小説の第1巻を基に、主人公の悠二と少女シャナとの出会いや、異世界から来た化け物・紅世の徒との戦いの始まりを描く。高校生の悠二は、人の“存在”を灯りに変えて喰らう化け物・紅世の徒に襲われたところを、紅蓮の髪と眼を持つ謎の少女に救われる。しかし彼は、自分がすでに“存在”していないことを知らされ……。
